Gli elementi codicologici che compongono il manoscritto si trovano accorpati sotto un titolo generale, qui rielaborato per ragioni contenutistiche:

“Lecturae e quaestiones sul libro VIII della Physica di Aristotele e sul libello De substantia orbis di Averro蔝 (cc. I-131-III). Titolo aggiunto: «in octavo libro Petri Pomponatii de phisico auditu» (c. I r, 2 ll.).

Segue la presentazione dei singoli elementi, in ordine progressivo.

1) “Lectura sul libro VIII della Physica di Aristotele raccolta da Basilio Troiano” (cc. 1 r-38 v; titolo elaborato). Titolo aggiunto: «Excellentissimi phylosophi Magistri petri pomponatis Mantuani Ordinariam In patavino gymnasio phylosophiae publice profitentis lectura super 8. physicorum collecta a domino basilio seu vincentio Troiano dum idem praeceptor publice profiteretur anno 1503» (c. 1 r, 2 ll.).

2) “Quaestiones sul libro VIII della Physica di Aristotele” (cc. 39 r-66 r; titolo elaborato). Titolo aggiunto: «Super Octavo Physicorum dubia et quaestiones clarissimi phylosophi magistri Petri mantuani» (c. 39 r, 6 ll.).

3) “Indice I: Quaestiones sul libro VIII della Physica di Aristotele e sul libello De substantia orbis di Averro蔝 (c. 67 v; titolo elaborato).

4) “Quaestio sul libro VIII della Physica di Aristotele: Utrum genita ex putri et genita per propagationem sint eiusdem speciei” (cc. 68 r-73 v; titolo elaborato). Titolo aggiunto: «Utrum genita ex putri et genita per propagationem sint eiusdem speciei» (indice, c. 67 v, l. 12 di testo).

5) "Super libello De substantia orbis expositio" (cc. 75 r-121 v), comprensiva delle relative "Super libello De substantia orbis quaestiones quattuor" (cc. 93 r-106 r e 112 v-113 v): titoli identificati (vd. P. Pomponazzi, "Corsi inediti dell'insegnamento padovano", I, «Super libello De substantia orbis expositio et quaestiones quattuor», 1507, intr. e testo a c. di A. Poppi, Padova, Antenore, 1966). Titolo presente: «Super libello De substantia orbis» (c. 75 r, 1 l.).

6) “Indice II: Quaestiones sul libello De substantia orbis di Averro蔝 (c. 122 r; titolo elaborato).

7) «Honofrii fontanae super 8. physicorum lectio quaestio super textu commenti 15» (cc. 125 r-128 v). Titolo presente a c. 125 r, 1 l.

Si distinguono con chiarezza diverse scritture e mani, alcune coeve, altre posteriori; inoltre, titoli aggiunti, intestazioni, annotazioni marginali, correzioni, cancellature, sottolineature, singole e doppie, e altri segni di scrittura, presenti su quasi tutta l'estensione del codice.

Le cc. 1 r-38 v restituiscono il testo della 'reportatio' troianea, recante la 'lectura ordinaria' sul libro VIII della "Physica" di Aristotele (o "De physico auditu") condotta da Pietro Pomponazzi in corso dell'anno d'insegnamento 1503, a Padova, e coprente i primi 46 'texti commenti' del relativo commento averroista.

Dall'intestazione presente al margine superiore di c. 1 r, sul lato del taglio di testa, vergata a calamo, inchiostro rosso, grafia più minuta rispetto al resto del documento, forse di mano posteriore (potrebbe trattarsi del 'raccoglitore' anonimo delle carte, da non confondere con la persona anonima del trascrittore, oppure dello stesso B. Troiano alla cui testimonianza si deve la trasmissione di questa 'lectura'), si apprende che la 'expositio litteralis' pomponazziana viene originariamente 'raccolta' («collecta») da B. Troiano, al tempo in cui il 'praector' la espone pubblicamente alla presenza dell'uditorio della facoltà artista di Padova (1503).
Recita l'intestazione: «Excellentissimi phylosophi Magistri petri pomponatis Mantuani Ordinariam In patavino gymnasio phylosophiae publice profitentis lectura super 8. physicorum collecta a domino basilio seu vincentio Troiano dum idem praeceptor publice profiteretur anno 1503» (c. 1 r, 2 ll.). Si riscontra ivi una grafia più minuta rispetto al resto della trascrizione: grafia che è opportuno confrontare, all'interno di questo stesso codice (ms. VIII.D.80), con quella di una nota al margine inferiore di c. 100 r (2 ll.), a calamo, inchiostro rosso.

Sul rigo antecedente l'intestazione, leggesi: «yhesus» (di mano dello scriba, invocazione, a calamo, inchiostro seppia, c. 1 r, 1 l.).

Le carte riproducono una trascrizione 'calligrafica' di mano piuttosto 'professionale', con sottolineature, singole e doppie, cancellature, correzioni e note marginali di mano posteriore (forse più d'una mano), vergate a calamo, inchiostri rosso (per la maggior parte delle sottolineature) e seppia (per le restanti sottolineature e per la maggior parte delle correzioni e delle note marginali).

B. Troiano dovrebbe identificarsi con il 'reportator' della 'lectura'; di mano posteriore sembrerebbe essere la trascrizione della 'reportatio' troianea della quale alle cc. 1 r-38 v; non si può infine escludere che il raccoglitore delle carte sia persona anonima, diversa tanto dallo scriba, anch'esso anonimo, quanto dal 'reportator' B. Troiano.
In breve, è pressoché certo che si tratti di una trascrizione posteriore, non già di appunti stilati 'in presa diretta' ('cursim scripti').

Sotto l'intestazione, vi è un rigo di scrittura: stessa mano e medesima grafia rispetto al resto del documento (ma grafia più chiara rispetto all'intestazione) riproducono un'iniziale sporgente, a calamo, inchiostro seppia. Leggesi: «Commentum primum Octavi physicorum» (c. 1 r, 1 l.). Esso introduce l'esposizione cursoria del 'textus commenti' 1.

I successivi 'texti commenti' sui quali viene soffermandosi, di volta in volta, la 'lectura' pomponazziana sono segnalati, all'interno del manoscritto, mediante una numerazione, a cifra araba, apposta al margine delle carte, in corrispondenza delle iniziali sporgenti, al principio dei rispettivi capoversi.

Esulano da questo criterio d'indicizzazione i soli 'texti commenti' 3 (presente la sola numerazione, a cifra araba, c. 1 v, l. 30 di testo), 5 (perduto a causa della lacuna testuale tra c. 3 v e c. 4 r), 17 (omessa la numerazione a margine, c. 13 v, l. 15 di testo), 18 (omessa la numerazione a margine, c. 14 r, l. 5 di testo), 19 (omessa la numerazione a margine, c. 14 v, l. 1 di testo), 26 (omessa la numerazione a margine, c. 21 r, l. 23 di testo), 27 (numerazione leggermente sfalsata rispetto alla rispettiva linea di testo, forse di mano posteriore, inchiostro rosso, c. 22 r, l. 30 di testo), e 42 (numerazione leggermente sfalsata rispetto alla rispettiva linea di testo, forse di mano posteriore, inchiostro rosso, c. 34 r, l. 22 di testo). La numerazione a cifra araba del 'textus commenti' 46 è stata ripresa con inchiostro rosso, forse, da mano posteriore (c. 36 r, l. 14 di testo).

A c. 3 v, un'annotazione al margine inferiore destro, sul taglio del piede, lato della legatura, a calamo, inchiostro seppia scuro, forse, di mano posteriore, o comunque successiva alla 'prima' stesura, segnala l'assenza di un'intera carta (tra c. 3 v e c. 4 r) e della sodale (tra c. 5 v e c. 6 r), con relative lacune testuali in corrispondenza dell'esposizione cursoria intessuta sui 'texti commenti' 4 e 5 ('post' c. 3 v) e 9 ('post' c. 5 v), confermata altresì dall'antica numerazione dei fascicoli. «Unde folium?»: si annota a c. 3 v, 1 l.
Segnalata un'interruzione del testo con relativa lacuna testuale, a c. 3 v, l. 33 di testo: «Sequitur et Causa Erroris Eorum haec pars in dua secatur». Ripresa a c. 4 r, l. 1 di testo: «Sequitur dico quod haec Expositio hic ponit perprimam Expositionem et in duas secatur in prima ponit perprimam Expositionem in secunda intendet taenere obiectioni ibi secunda et dixit hoc [...]» (prosegue fino a l. 7 di testo).
Anche la numerazione del 'textus commenti' 5 ne risulta pertanto omessa.
Segue un'interruzione del testo, con relativa lacuna testuale, a c. 5 v, l. 32 di testo: «Si igitur non finitur presens commentum in secundas secatur presentes. In presentem scilicet Expositivam et in presente dicit». Ripresa a c. 6 r, l. 1 di testo: «in moventibus et motis non est procedere in infinitum statim apparet motum celi esse eternum seguitur et bene potest apparere in hac parte vult multa paucis concludere et est quod si aliquis motus est primus quod ille numquam potuit incepere» (prosegue fino a l. 3 di testo).

Le cc. 39 r-67 r restituiscono una raccolta di appunti 'corsivi', stilati verosimilmente 'in presa diretta' ('cursim scripti'), e coprenti la discussione di alcune 'quaestiones' estratte dalla 'lectura' pomponazziana sul libro VIII della "Physica" di Aristotele (o "De physico auditu"), dal prologo di Averroè fino al 'textus commenti' 38 del relativo commento averroista.

La discussione risale all'anno d'insegnamento 1503, ed afferisce, pertanto, alla precedente 'lectura' sul libro VIII della "Physica" condotta da Pietro Pomponazzi in quella di Padova (cc. 1 r-38 v).

La responsabilità di questa scrittura deve forse attribuirsi a B. Troiano, sebbene non si disponga al momento di un riscontro risolutivo. L'inchiostro impiegato per la stesura degli appunti è di color seppia chiaro, tipo grafite.

Gli appunti si trovano accorpati sotto un titolo 'generale', riportato a c. 39 r, da mano posteriore, a calamo, inchiostro rosso (forse la stessa mano responsabile dei due indici delle cc. 67 v e 122 r, e di numerose annotazioni, correzioni, cancellature, sottolineature, singole e doppie, presenti su quasi tutta l'estensione del manoscritto): «Super Octavo Physicorum dubia et quaestiones clarissimi phylosophi magistri Petri mantuani» (c. 39 r, 6 ll.). Diversa la mano o, quantomeno, la grafia degli appunti di cui alle successive cc. 40 r-66 r.

S'incontrano frequenti sottolineature singole, qualche annotazione a margine, piccole correzioni e cancellature, prevalentemente di mano dello scriba (inchiostro seppia chiaro), qualcuna forse di mano posteriore (inchiostro rosso).

La prima 'quaestio' sul prologo di Averroè è posta in corrispondenza delle cc. 40 r-41 r. Essa reca la data «die 12 Iunii 1503», riportata al margine superiore di c. 40 r, sul lato del taglio di testa, vergata a calamo, di mano scriba come per la restanti sezioni del documento, inchiostro seppia chiaro, leggermente sbiadito.

Alla c. 43 r-v si affrontano ulteriori 'dubia' intorno al medesimo prologo della "Physica": in particolare, se per il filosofo sia preferibile la morte oppure la vita. Quindi si passa al 'textus commenti' 1. Come da relativa indicazione al margine sinistro di c. 43 v, sul lato del taglio, in corrispondenza della l. 17 di testo, a calamo, inchiostro seppia: «Commentum primum».

Alle cc. 44 r-45 v si disputa la 'quaestio' «Numquid ad metaphysicum pertineat probare substantias abstractas esse» (come da relativa indicazione, riportata al margine superiore della c. 44 r, sul lato del taglio di testa, a calamo, inchiostro seppia), intessuta sul 'textus commenti' 3.

Alle cc. 46 r- 66 r la discussione si ferma prevalentemente su problemi attinenti al moto, ovverosia sui 'texti commenti' dal 9 (come si evince dall'annotazione al margine superiore di c. 46 r, lato del taglio di testa, inchiostro seppia leggermente sbiadito: «Super commento nono») al 38, richiamando i soli luoghi testuali stimati utili, di volta in volta, per lo svolgimento della discussione. Ad esempio: t. c. 9, cc. 46 r-48 v; t. c. 16, c. 50 r; t. c. 24, c. 61 r-v; tt. cc. 25-30, cc. 62 r- 66 r.

I 'texti commenti' investiti dalla discussione cursoria sono spesso segnalati, all'interno del manoscritto, mediante numerazione, a cifra araba, apposta al margine delle rispettive carte, a calamo, inchiostro seppia, verosimilmente, di mano dello scriba.

A c. 67 v si trova l'indice delle 'quaestiones' «Super 8. physicorum» (inscriptio, c. 67 v, 1 l.), delle quali alle precedenti cc. 40 r-66 r, che rubrica anche la 'quaestio' «Utrum genita ex putri et genita per propagationem sint eiusdem speciei» (titolo a c. 67 v, l. 12 di testo) posta in corrispondenza delle successive cc. 68 r-73 v; e, subito dappresso, l'indice delle 'quaestiones' «Super libello De substantia orbis» (seconda intestazione, c. 67 v, 1 l.) che si trovano alle successive cc. 93 r-106 r.

La grafia e l'inchiostro rosso parrebbero riconducibili alla responsabilità dello stesso estensore di numerose annotazioni, correzioni, cancellature, sottolineature, singole e doppie, ed altri segni di scrittura, a calamo, inchiostro rosso, presenti su quasi tutta l'estensione del codice.

Si riproduce di seguito l'indice delle 'quaestiones' (c. 67 v):
«Super 8. physicorum / Quaestio prima An ad motum ultimum pro bono substantias abstractas sint / secunda An quaestio de continuitate motus sit de motu in genere / tertia An motus primus sit continuus/ quarta An augmentatio sit motus continuus / quinta An alteratio sit motus continuus / sexta An Solus motus localis sit continuus / quattuor singulos posite sunt in fine / prima Utrum motus sit genitus et utrum sit corporalis / secunda Utrum rerum solam causam esse motus / tertia Utrum motus localis sit inter contraria / quarta Utrum sit causa qui [...] / Utrum genita ex putri et genita per propagationem sint eiusdem speciei / Super libello De Substantia orbis / quaestio prima Utrum caelum sit compositum ex materia et forma / secunda Utrum in composito sint plures formae substantiales / tertia Utrum in materia sint quantitates interminatae a quo [...] distinguitur / quarta Utrum Deus sit causa efficiens omnium rerum et non solum finalis».

La l. 13 di testo (l. 1 di testo, 'post' seconda intestazione) è stata erasa.

Alle cc. 68 r-73 v la 'quaestio' "Utrum genita ex putri et genita per propagationem sint eiusdem speciei" restituisce la «pulcherrima dubitatio» intessuta sul 'textus commenti' 16 del libro VIII della "Physica".
Sembra però trascritta con diversa e nuova grafia, a calamo, inchiostro seppia scuro, da mano piuttosto 'professionale'. Sporadiche le correzioni e le sottolineature, tutte di mano dello scriba ed effettuate con il medesimo inchiostro color seppia scuro, ad eccezione di 5 correzioni a c. 68 v, ll. 11, 22, 23, 30 di testo, 1 correzione a c. 69 v, l. 17 di testo, e un'annotazione al margine destro di c. 70 v, sul lato del taglio, in corrispondenza della l. 17 di testo, seguita da 3 correzioni alle ll. 17-18 di testo, tutte vergate a calamo con inchiostro rosso: la mano sembra essere la stessa delle altre note marginali, a calmo, inchiostro rosso, presenti su quasi tutta l'estensione del codice.

Si tratta, evidentemente, di una trascrizione posteriore, che riproduce un'antica 'reportatio', solo in seguito aggiunta al resto delle carte componenti la raccolta, onde ultimare il resoconto della 'disputatio' padovana tenuta da P. Pomponazzi in corso dell'anno 1503.

Le cc. 75 r-121 v restituiscono la 'reportatio' dell'esposizione «Super libello De substantia orbis» (inscriptio, c. 75 r, 1 l.) e delle relative 'quaestiones' discusse da Pietro Pomponazzi in corso dell'anno d'insegnamento 1507 a Padova.
Si tratta evidentemente della trascrizione 'calligrafica' di un'antica 'reportatio' padovana: stessa mano e stessa grafia rispetto alla 'lectura' iniziale sul libro VIII della "Physica" (cc. 1-38), a calamo, inchiostro seppia. Evidenti sottolineature, singole e doppie, cancellature, correzioni e note a margine: alcune sono probabilmente di mano dello scriba, ovviamente posteriori alla 'prima' stesura, inchiostri rosso e seppia.
Potrebbe dunque trattarsi della trascrizione piuttosto 'professionale' di un'antica 'reportatio', forse di mano di B. Troiano, oppure, meno probabile, di una trascrizione effettuata dallo stesso 'reportator' sulla base di un precedente canovaccio di appunti, estesi 'in presa diretta'.
Una nota al margine inferiore di c. 100 r tradisce la stessa grafia dell'inscriptio al margine superiore c. 1 r, anche qui a calamo, inchiostro rosso: l'identificazione di questa grafia con quella di B. Troiano o con quella di altra persona potrebbe fornire un'indicazione decisiva sulla proprietà delle carte o, addirittura, dell'intero codice.
Anonima, come per tutte le carte componenti il codice, l'identità del 'raccoglitore' (delle carte stesse), che potrebbe identificarsi con B. Troiano, oppure con il trascrittore anonimo delle cc. 1 r-38 v e 75 r-121 v, o anche con altra persona anonima.
Parimenti controversa l'identificazione della persona che ha operato alcune delle correzioni e delle annotazioni presenti su numerose carte all'interno del presente codice (inchiostri rosso e seppia, laddove non riconducibili alla mano dello scriba): persona che parrebbe tuttavia opportuno identificare con il compilatore degli indici alle cc. 67 v e 122 r e con l'autore di numerose intestazioni, annotazioni, correzioni, cancellature, sottolineature, singole e doppie, a calamo inchiostro rosso, presenti su quasi tutta l'estensione del manoscritto.

Il commento copre l'intera estensione del libello "De substantia orbis" di Averroè. Gli "Oratiuncula accommodata" (c. 75 r-v). Il "Prooemium" (cc. 75 v-77 v). La "Prima pars tractati" in due capitoli: il capitolo I (cc. 77 v-92 v), cui segue la 'disputatio' di tre 'quaestiones' (cc. 93 r-106 r); l'esposizione «Super secundo capite De Substantia Orbis» (inscriptio, c. 106 r), ovverosia il capitolo II (cc. 106 r-116 r), cui è intercalata la 'disputatio' di una quarta 'quaestio' (cc. 112 v-113 v). La "Secunda pars tractati" in tre capitoli: il capitolo III (cc. 116 r-119 v); il capitolo IV (cc. 119 v-121 r); il capitolo V (cc. 121 r-121 v).

Alle cc. 93 r-106 r e 112 v-113 v, lo scriba intercala quattro 'quaestiones', rispettivamente: le prime tre (cc. 93 r-106 r) attengono alla 'lectura' del capitolo I del "De substantia orbis"; l'ultima (cc. 112 v-113 v) a quella del capitolo II.

Seguono i titoli delle 'quaestiones' sul libello "De substantia orbis", intercalate nel corso dell'esposizione: la prima 'quaestio' sul capitolo I del "De substantia orbis", «Utrum caelum sit compositum ex materia et forma» (cc. 93 r-99 v; titolo estratto dall'indice a c. 122 r, 'infra' seconda intestazione, l. 1 di testo); la seconda 'quaestio' sul capitolo I, «Utrum in composito sint plures formae substantales» (cc. 99 v-102 r; titolo estratto dall'indice a c. 122 r, 'infra' seconda intestazione, l. 2 di testo); la terza 'quaestio' sul capitolo I, «Numquid dentur quantitates interminatae» (cc. 101 r-106 r; titolo ricavato dall'intestazione, c. 101 r, 1 l.); la quarta 'quaestio' sul capitolo II «Numquid Deus, cum hoc quod omnes concedunt est causa finalis omnium rerum, sit etiam causa efficiens» (cc. 112 v-113 v; titolo ricavato dall'intestazione, c. 112 v, 2 ll.).

Per il contenuto dell'esposizione, come per la conduzione delle relative 'quaestiones', si rimanda all'edizione curata da A. Poppi: P. Pomponazzi, "Corsi inediti dell'insegnamento padovano", I, «Super libello De substantia orbis expositio et quaestiones quattuor» (1507), intr. e testo a c. di A. Poppi, Padova, Antenore, 1966. L'edizione testé menzionata confronta il contenuto del manoscritto Napoletano con la trascrizione fredianea restituita da un ben noto codice Reginese (Città del Vaticano, Biblioteca Apostolica Vaticana, Regin. lat. 1279, 3 r-36 v).

A c. 122 r s'incontra l'indice delle quattro 'quaestiones' sul libello "De substantia orbis", a calamo, inchiostro rosso, di mano posteriore (la stessa di molte annotazioni, a calamo, inchiostro rosso presenti su quasi tutta l'estensione del codice).

Segue la 'tavola' delle 'quaestiones':
«Super libello De Substantia orbis / quaestio prima Utrum caelum sit compositum ex materia et forma / secunda Utrum in composito sint plures formae substantiales / tertia Utrum in materia sint quantitates interminatae a quo distinguitur / quarta Utrum Deus sit causa efficiens omnium rerum et non solum finalis» (c. 122 r).

Le cc. 125 r-128 v restituiscono la 'reportatio' di un'antica discussione intorno ad alcune 'quaestiones' sul libro VIII della "Physica", intessute sui 'texti commenti' 15-18 del relativo commento averroista.
La 'reportatio', estesa 'in presa diretta' ('cursim scripta'), può ricondursi con verosimiglianza al magistero pomponazziano, e risale probabilmente ad un corso sul libro VIII della "Physica" di Aristotele (o "De physico auditu") del 'periodo padovano', forse riconducibile proprio alla 'lectura ordinaria' tenutasi nel 1503 (cc. 1 r-38 v). Il legame di responsabilità da parte di O. Fontana nei confronti delle carte qui considerate resta tuttavia oscuro. Non è facile stabilire se il medico piacentino sia il raccoglitore delle carte, l'estensore oppure un comune possessore.

Recita l'intestazione, a calamo, inchiostro rosso: «Honofrii fontanae Super octavum physicorum lectio quaestio Super textu commenti 15» (c. 125 r, 1 l.).

Frequenti le correzioni, le cancellature e le annotazioni marginali di mano dello scriba, a calamo, inchiostri seppia (come per il corpo del testo) e rosso.

Le 'quaestiones' vertono su alcuni problemi notevoli: sull'eternità del mondo, sulla causalità delle intelligenze, sulla continuità del moto locale e sulla necessità degli eventi mondani.