Nasce a Burgos (Spagna) il 24 dicembre 1517. Entra nella Compagnia di Gesù nel 1541 (Roma, Italia). Professo di 4 voti il 25 marzo 1549 a Roma. Insegna al Collegio Romano Sacra scrittura dal 1556 al 1559. Compie gli studi umanistici e studia filosofia a Parigi (1535-1538), ottenendo il titolo di maestro; teologia a Padova (1542-1546). Nel 1541 è a Roma come scriptor apostolicus. Compie gli esercizi con Diego Laínez. Da sacerdote esercita il ministero a Bologna, Pistoia e in altre città della Toscana. Chiamato a Roma nel 1547, è nominato segretario della Compagnia di Gesù, carica che rivestirà per i successivi 26 anni sotto i tre primi Generali. Collabora con Ignazio di Loyola alla composizione delle Constituciones. Può considerarsi come il primo archivista e storico della Compagnia. Procuratore della Compagnia, Assistente generale (1555), Vicario generale (nel 1556 alla morte di Ignazio e di nuovo nel 1572 alla morte di Borja), Assistente di Spagna e Ammonitore del Generale (1558). Muore a Roma il 20 dicembre 1576.

J. FEJER, Defuncti primi saeculi, I, p. 198: Polanco, Ioan. Alphon.; C.E. O'NEILL - J.M. DOMINGUEZ, Diccionario Histórico de la Compañía de Jesús, IV, p. 3168: Polanco, Juan Alfonso de; M. SCADUTO, Catalogo dei gesuiti d'Italia: 1540-1565, p. 119; L'epoca di Giacomo Lainez, 1556-1565: governo, III, pp. 15, 16, 23, 36, 46, 84, 87, 106, 115, 191, 203, 132, 181, 196, 204, 215, 341, 396, 449, 570; L'epoca di Giacomo Lainez, 1556-1565: l'azione, IV, pp. 114, 125, 130-132, 139-143, 156, 157, 328, 330, 774, 787, 793: Polanco, Giovanni Alfonso; L'opera di Francesco Borgia, 1565-1572, V, pp. 39, 59, 61, 63, 65, 64, 73: Polanco, Juan Alfonso; C. SOMMERVOGEL, Bibliothèque de la Compagnie de Jésus, VI, coll. 939-947: Polanco, Jean (nasce nel 1516, muore il 21 dicembre 1577); VILLOSLADA, R.G. Storia del Collegio Romano, pp. 15, 24, 47, 133-134, 249, 321, 323: Polanco, Giovanni Alfonso. ARSI, Ital. 3, 2: Polanco, Joan. de. EDIT16 [3/12/09]: Polanco, Juan (muore nel 1577); LOC [3/12/09]: Polanco, Juan-Alphonso de (nasce nel 1516, muore nel 1577); SBN [3/12/09]: Polanco, Juan Alfonso (nasce nel 1516, muore nel 1577).