La biblioteca pubblica dei frati domenicani di San Marco a Firenze venne costruita nel 1444, mentre si restaurava il convento, dall'architetto Michelozzo Michelozzi, a spese di Cosimo dei Medici. Il suo schema architettonico a pianta basilicale, con lo spazio suddiviso in tre navate separate da undici colonne per lato, illuminate da finestre disposte su entrambi i lati, diventò il modello a cui si ispirarono tutte le successive biblioteche quattrocentesche, a partire dalla Malatestiana (1447-1452). La dotazione era costituita da più di 400 manoscritti provenienti dall'eredità di Niccolò Niccoli (m. 1437), distribuiti in 64 banchi disposti su 2 file, 32 ex parte orientis e 32 ex parte occidentis, destinati alla libera consultazione degli studiosi. Oltre ad una notevole presenza di testi patristici, la biblioteca comprendeva anche un gran numero di autori classici, specialmente greci. Cosimo, inoltre, aggiunse al lascito del Niccoli circa altri 200 volumi per completare quei settori della raccolta non adeguatamente rappresentati secondo il canone bibliografico approntato, su sua richiesta, da Tommaso Parentucelli da Sarzana, il futuro papa Niccolò V.

Dopo la scomparsa di Cosimo (1464) più che dai suoi successori, Piero e Lorenzo, ormai interessati soprattutto alla costituzione della propria biblioteca privata, quella di San Marco beneficò di doni da parte di privati come Lorenzo da Bisticci o Giorgio Antonio Vespucci e la sua consistenza è testimoniata dal Repertorium sive index librorum latinae et graecae bibliothecae conventus Sancti Marci de Florentia ordinis Praedicatorum (Modena, Archivio di Stato, Archivio della Cancelleria Estense, Documenti e carteggi di Stati esteri, Firenze, busta 13), compilato tra il 1499 e il 1500 dal frate bibliotecario Zanobi Acciaioli. L'inventario Estense testimonia la presenza di 1235 libri tra manoscritti (1046) e incunaboli (189), latini (1053) e greci (182), ridistribuiti in 78 banchi (64 per i latini e 14 per i greci). Intorno al 1543 fu compilato l'Index librorum bibliothecae Divi Marci Florentiae in monasterio Dominicorum (Milano, Biblioteca Ambrosiana, M 94 suss.), che registra in modo completo il contenuto della sezione greca, compresi i codici orientali omessi nel precedente inventario, mentre è più sommaria la registrazione della sezione latina e poco dopo dovette cominciare il declino della raccolta, quando un numero consistente di manoscritti (circa un centinaio, tra latini e greci) passarono per ordine del duca Cosimo I dei Medici nella sua collezione privata, per incrementarla in vista del suo trasferimento nella prestigiosa sede michelangiolesca (1571). Successivamente, accanto alla registrazione di qualche nuovo arrivo, si hanno soprattutto notizie di vendite di libri della libreria marciana, che andarono ad arricchire le più importanti raccolte private fiorentine (Strozzi, Riccardi) finchè nel 1768 venne redatto l'Index manuscriptorum Bibliothecae Fratrum ordinis Praedicatorum Florentiae ad Sanctum Marcum, che contava 861 volumi ordinati per classi, conservato nel manoscritto San Marco 945 della Biblioteca Medicea Laurenziana. Nel 1808 il convento fu sottoposto alla soppressione napoleonica delle Corporazioni religiose e nel 1809 i codici, una parte dei quali subì varie dispersioni, vennero distribuiti tra la biblioteca Nazionale Centrale, allora Magliabechiana, e la Laurenziana (264). Nel 1883, per intervento del direttore della biblioteca Medicea, Niccolò Anziani, giunsero altri 194 manoscritti per un totale di 458. La schede pubblicate in ManusOnLine riguardano i codici in alfabeto latino.
Bibliografia essenziale Berthold L. Ullman - Philip A. Stadter, The Public Library of Renaissance Florence. Niccolò Niccoli, Cosimo de' Medici and the Library of San Marco, Padova, Antenore, 1972 (Medioevo e Umanesimo, 10).
V. Branca, Poliziano e la Libreria medicea di San Marco, in Miscellanea Augusto Campana, Padova 1981, pp. 181-187.
E. Garin, La biblioteca di San Marco, in La chiesa e il convento di San Marco, I-II, Firenze 1989, I, pp. 79-148.
La biblioteca di Michelozzo a San Marco tra recupero e scoperta, Biblioteca Laurenziana - Museo di San Marco, Firenze, Giunti, a cura di M. Scudieri e G. Rasario, Firenze 2000.
P. Petitmengin - L. Ciccolini, Jean Matal et la bibliothèque de Saint - Marc de Florence (1545), in Italia medievale e umanistica, 46 (2005), pp. 207-373. . .