Il fondo manoscritti della Biblioteca Universitaria Alessandrina comprende i libri in uso dei maestri della Sapienza di Roma del secolo XV poi confluiti attraverso cessioni forzose imposte da papa Alessandro VII per la fondazione della biblioteca stessa intorno al 1660. Fu incrementato da lasciti di docenti e per successivi acquisti, soprattutto nei primi anni del Novecento ad opera del bibliotecario Alessandro Moroni (1904-1914) e del libraio antiquario Attilio Nardecchia. La raccolta comprende attualmente 448 esemplari tra volumi e raccolte di carte che dal IX secolo (ms. 173) giungono fino al XX secolo. Tra gli esempi più notevoli in primo luogo la grande Bibbia Alessandrina (ms. 1), codice membranaceo del secolo XII con illustrazioni floreali di scuola toscana; il Bestiario (ms. 2) fatto eseguire dall'ultimo duca di Urbino (secc. XVI-XVII) appassionato collezionista di animali. Altrettanto preziosi sono i nove codici trecenteschi donati nel 1659 dal rettore della Sapienza Pier Francesco De Rossi, consistenti in testi di diritto canonico utilizzati nella corte papale di Avignone. Come documento della Sapienza settecentesca, inoltre, devono essere ricordati i 23 volumi dell'erbario dell'Orto Botanico Universitario (mss. 3-25) e, infine, per la storia culturale e artistica della capitale pontificia, il Giornale (1773-1803) dello scultore neoclassicista Vincenzo Pacetti (ms. 321) affiancato per la documentazione dell'arte marmoraria nella medesima età dallo Studio di molte pietre messo insieme nell'anno 1726 e tutte fatte e colorite con li prezzi che corono nel ditto anno del non meno celebre Pier Leone Ghezzi (ms. 322). Tra gli esemplari del XIX secolo, primeggiano alcune lettere autografe di Giosuè Carducci (mss. 369-372) e di Giacomo Leopardi (ms. 358). Da una rapida selezione dei documenti coevi si possono individuare quattro macroaeree tematiche: esemplari di contenuto scientifico, ad esempio di patologia generale (mss. 248-250), di medicina (mss. 271 e 274), sui ponti pensili (ms. 280), sull'agricoltura nella campagna romana (ms. 286); esemplari di contenuto giuridico, ad esempio testi su crimini e criminali (mss. 353 e 392), i codici civili del Regno di Sardegna (mss. 417-424) e le lezioni del professor Schupfer (mss. 437-439); su antichità, come gli studi sulle monete (mss. 318-319), sulla presenza dei Francesi a Roma (ms. 330), sul colera a Roma nella prima metà dell'Ottocento (ms. 237) e sulle rovine antiche (mss. 328, 337, 374); sulla traduzione di testi classici (mss. 361-365). Nel 1877 il bibliotecario Enrico Narducci pubblicò Catalogi codicum manoscriptorum praeter graecos et orientales qui in bibliothecis publicis Romae adservantur. Vol. 1: Bibliotheca Alexandrina, il catalogo dei manoscritti della biblioteca (mss.1-235) e nel 1999 il bibliotecario Giovanni Rita ne ha curato l'integrazione (mss. 236-448).