La sezione manoscritti della Biblioteca comunale di Trento è un fondo eterogeneo, progressivamente formatosi in tempi e con modalità differenti, grazie a lasciti e legati, ai doni, agli acquisti, alle acquisizioni a vario titolo degli archivi privati di alcune fra le più illustri famiglie trentine. Ha preso forma, in questo modo, una raccolta composita nella quale sono collocati documenti cartacei e pergamene, copie e originali, codici e fogli volanti a stampa. La descrizione del materiale, in molti casi sommaria, si è riversata in alcuni strumenti manoscritti che hanno assunto le caratteristiche di registro cronologico di entrata, più che di efficace repertorio. Il numero di corda progressivo di un fondo che è, ovviamente, in costante accrescimento raggiunge e supera le 7.000 unità, anche se deve essere precisato che spesso, nel caso di miscellanee e di raccolte epistolari, in corrispondenza di un singolo numero sono registrate decine di documenti diversi. Solo una porzione dei manoscritti è stata censita negli Inventari dei manoscritti delle biblioteche d'Italia che riservano tre volumi della collana (67, 71 e 74) ai fondi della Biblioteca comunale di Trento. Da questa massa eterogenea emergono i 181 manoscritti della Biblioteca comunale anteriori al secolo XVI. Per una parte preponderante i codici provengono dalla biblioteca vescovile (cfr. Silvano Groff, Trento - Biblioteca comunale, in I manoscritti medievali della Biblioteca comunale di Trento, a cura di Adriana Paolini, con la collaborazione di Lorena Dal Poz, Leonardo Granata, Silvano Groff, Trento, Provincia autonoma di Trento, Firenze, Edizioni del Galluzzo, 2006 (Biblioteche e archivi, 14), pp. 3-14. Importante per la storia del fondo fu la vicenda legata al trafugamento di carte e codici del 1805: risale all'estate di quell'anno, infatti, la razzia di documenti e di libri compiuta dell'emissario del governo imperiale Franz Sebastian Gassler, che si impadronì non soltanto delle carte dell'archivio del principe vescovo, ma anche dei codici che vi erano conservati. A Trento vennero selezionati circa 70 volumi che vennero fatti partire con destinazione Vienna. Fin dal 1919 da Trento si operò, con Giuseppe Gerola, in seguito Soprintendente ai Monumenti di Trento, per il recupero dalla Biblioteca nazionale austriaca dei codici della biblioteca vescovile di Trento sottratti nel 1805. Essi furono collocati presso l'allora Museo nazionale nel Castello del Buonconsiglio e vi rimasero fino al 1957, quando - in base a un accordo con la Biblioteca comunale di Trento - 47 dei 67 volumi recuperati dalle biblioteche austriache trovarono sistemazione, a titolo di deposito fiduciario e con la denominazione di 'viennesi' presso la biblioteca comunale. In cambio il museo ebbe sei codici miniati di proprietà del comune di Trento (mss. 1559, 1563, 1568, 1659, 1777, 3568). La Biblioteca comunale di Trento partecipa anche al Censimento dei manoscritti conservati in Italia anche con la catalogazione dei frammenti manoscritti provenienti da codici medievali. Fino a oggi sono state inserite 29 schede. Il progetto di catalogazione dei frammenti medievali è promosso dall'Università degli studi di Trento e dalla Commissione Indici e Cataloghi del MiBAC, e prevede di interessare diversi enti della provincia di Trento. Allo stato attuale sono coinvolte le seguenti istituzioni della città di Trento: Biblioteca Fondazione di S. Bernardino, Biblioteca provinciale dei Padri Cappuccini, Archivio di Stato, Archivio diocesano, Archivio storico del Comune