La sezione si presenta come una raccolta non unitaria e di epoca prevalentemente moderna, con l'eccezione di alcuni codici più antichi. Si è formata a partire dal 1922 da un nucleo di manoscritti estrapolati dai Fondi costitutivi della Biblioteca. A questo primo nucleo di documenti a carattere storico-artistico, letterario, scientifico, si sono aggiunti, negli anni successivi, i manoscritti dei diari di viaggio della collezione Louis Gonse per lo più settecenteschi e ottocenteschi. Tra gli anni cinquanta e duemila alcuni manoscritti, mai lavorati, sono stati estrapolati dalla sezione “Vecchio Fondo”. Infine altri manoscritti più attinenti per contenuto alla specializzazione della Biblioteca sono stati acquisiti negli anni con lo scopo di incrementare ulteriormente la raccolta. Una consistente presenza di disegni ed anche di fotografie rendono la sezione una fonte essenziale per il reperimento di documentazione iconografica nel campo dell'archeologia e della storia dell'arte, e le conferiscono un rilevante valore artistico. In particolare si segnalano: due cimeli rinascimentali che riproducono il fregio della Colonna Traiana, di cui uno in pergamena attribuito a Jacopo Ripanda; il disegno preparatorio per la Nuova Pianta di Roma del 1748 di Giovanni Battista Nolli; un cabreo membranaceo di Giovanni Battista Cingolani; i disegni ornamentali di Ferdinando Bibiena; i disegni di architettura di Giuseppe Barberi; i disegni di anatomia di Giuseppe Bottani; gli acquerelli di Giuseppe Angelelli concernenti la spedizione Rosellini - Champollion in Egitto; i disegni di scene e costumi della vita romana di Bartolomeo Pinelli; l'album di caricature dell'ambiente musicale napoletano dell'800 di Melchiorre Delfico. A questo nucleo si aggiunse, nel 1958 un’altra opera particolarmente significativa: l’Albero Genealogico della famiglia Dusmet, realizzato su pergamena e impreziosito da stemmi e vedute di città. Collocazioni: Mss.1-Mss.331. Negli anni 1990-1993, a scopo di documentazione e conservazione, è stata completata la riproduzione su microfilm di tutta la raccolta del fondo Manoscritti Nel 2020 sono stati digitalizzati e pubblicati, per il progetto Europeana-Archaeology, su Internet Culturale nella sezione: 'Documenti manoscritti dalla Biblioteca di Archeologia e Storia dell’arte' i Mss.70, Mss.96, Mss.130 e Mss.210. Per Europeana-“Risorse digitali per la diffusione della lingua e della cultura italiana nel mondo”, progetto iniziato nel 2020 e in conclusione nel 2021 sempre su Internet Culturale nella sezione: 'Documenti manoscritti dalla Biblioteca di Archeologia e Storia dell’arte verranno inseriti catalogati e digitalizzati i Mss. 1, Mss.16.A, Mss.17, Mss.17.C, Mss.20, Mss.21, Mss.22, Mss.28, Mss.31, Mss.34.C, Mss.54, Mss.111, Mss.115.B, Mss.155, Mss.325. per Europeana Mss. 1, Mss.16.A, Mss.17, Mss.17.C, Mss.20, Mss.21, Mss.22, Mss.28, Mss.31, Mss.34.C, Mss.54, Mss.111, Mss.115.B, Mss.155, Mss.325 N.B. In relazione al progetto di digitalizzazione dei microfilm del CNSM si precisa che le segnature dei manoscritti da esso interessate non sono state verificate dall'ente conservatore.