L'Archivio Storico della Pontificia Università Gregoriana vanta un patrimonio unico di preziose testimonianze dell'attività intellettuale dei gesuiti del Collegio Romano, dalla sua fondazione nel 1551 alla soppressione della Compagnia di Gesù nel 1773. Più di 5000 codici attestano le lezioni di retorica, grammatica, filosofia e teologia, impartite nel corso di due secoli, oltre allo studio dei classici greci e latini, di astronomia, di matematica e di fisica, e delle lingue latina, ebraica, greca e araba. Molti di questi manoscritti sono stati pazientemente ricopiati dagli auditores, altri sono autografi di celebri maestri come Famiano Strada, Cristoforo Clavio, Francisco Suarez, Roberto Bellarmino, Muzio Vitelleschi, Roger Joseph Boscovich, Juan Bautista de Villalpando, Francisco de Toledo. In certi casi gli appunti per le lezioni hanno dato origine a opere celebri come le Controversie del Bellarmino di cui l'Archivio possiede un esemplare con chiose d'autore. Insieme a questo materiale altri importanti documenti testimoniano la febbrile attività di ricerca e studio che aveva luogo nel Collegio Romano: l'imponente carteggio di Athanasius Kircher, la corrispondenza di Cristofero Clavio e i codici che servirono allo Sforza Pallavicino per scrivere la Istoria del Concilio di Trento. Altra documentazione miscellanea evidenzia i rapporti che tanti gesuiti sparsi per il mondo mantennero con i maestri del Collegio Romano. Scorrendo queste carte si possono seguire le vicende delle Riforme, i dibattiti sulla grazia o sulla morale, la polemica giansenista o quella sui riti cinesi. Questa eredità si vede ulteriormente arricchita dalla documentazione dell'attività d'insegnamento durante il XIX secolo, fino al 1873, e in seguito dell'attuale Pontificia Università Gregoriana del Collegio Romano. In essa si possono seguire le tracce lasciate da quei professori che collaborarono attivamente al Concilio Vaticano I, alla redazione del Codice di Diritto canonico del 1917 e al Concilio Vaticano II. L'archivio possiede anche un'importante collezione di pergamene e stampe, tra cui quelle del celebre architetto e matematico Orazio Grassi (1583-1654).