Gesuita. Matematico, astronomo. Nasce a Bamberg (Germania) nel 1538 circa. Entra nella Compagnia di Gesù a Roma (Italia) nel gennaio 1555. Professa i voti semplici il 12 aprile 1555. L'anno successivo è inviato all'Università di Coimbra (Portogallo), dove i gesuiti avevano fondato il Collegio das Artes. Qui segue il corso di filosofia (1557-1560) tenuto da Pedro de Fonseca [ARSI, Lus. 43, 64r] e il primo anno del corso di logica (1557-1558); mancava l'insegnamento della matematica, che Clavius probabilmente studia da autodidatta [B-N, C.C.C., I, 1, p. 38]. A Coimbra osserva l'eclissi totale di Sole del 21 agosto 1560: dalla sua descrizione apprendiamo che l'eclissi durò lo spazio di un Miserere. La meraviglia per quest'osservazione lo induce a indirizzarsi agli studi astronomici. Tra settembre e ottobre dello stesso anno è rimandato a Roma; dal 1562 al 1566, studia teologia presso il Collegio Romano e il suo docente è il gesuita Francisco de Toledo. Nel 1564 inizia a insegnare argomenti matematici, attività che proseguirà, con l'eccezione di qualche soggiorno a Napoli, fino alla fine dei suoi giorni. È uno dei docenti che maggiormente influenza la formazione del gesuita Matteo Ricci, che nel corso della sua missione in Cina traduce in cinese parte del Commento a Euclide ed insegna agli allievi cinesi come utilizzare gli strumenti di misurazione astronomica disegnati da Clavius. L'insegnamento della matematica viene, inoltre, inserito per la prima volta nella versione definitiva della Ratio studiorum del 1599. Al Collegio Romano insegna Mathesis dal novembre 1563 al 1571, succedendo al gesuita Balthazar Torres che, a sua volta, aveva tenuto l'insegnamento dal 1553; nel 1587, riprende l'insegnamento probabilmente fino al 1594. Nel 1567, a Roma vede un'altra eclisse che al suo massimo lascia il Sole circondato da un anello sottile di luce che, in seguito, rispondendo a Keplero, Clavius descrive come un anello e non come un'atmosfera attorno al corpo oscuro della Luna. Questa è per Clavius prova che il diametro del Sole può essere maggiore di quello della Luna, contrariamente a quanto Tolomeo (II sec. d.C.) aveva riportato nell'Almagesto. Nel 1575 cura la costruzione di un globo celeste sul quale le posizioni delle principali stelle sono fissate assumendo come origine quelle fornite dal De revolutionibus orbium coelestium di Copernico. Professo di 4 voti l'8 settembre 1575 (Roma). Nel 1579 è nominato Primo Matematico nella Commissione pontificia per la riforma del calendario giuliano. La definizione del nuovo calendario ottiene grande successo, ed è adottata nei paesi cattolici nel 1582 per ordine del papa Gregorio XIII. Come riconoscimento per questa sua attività, è soprannominato “Euclide del XVI secolo”. Verso la fine del 1587 riceve a Roma la visita di Galileo Galilei; tra le altre osservazioni sottopostegli dallo scienziato, vi è l'individuazione di rilievi sulla superficie lunare. Clavius, però, non conferma questa scoperta, ma quasi un secolo dopo, a lui è dedicato uno dei più grandi crateri lunari. Nell'autunno 1589, Clavius è inviato a Messina (Italia) dai suoi superiori per avviare l'insegnamento della matematica nella costituenda Università, nella quale una parte consistente degli insegnamenti doveva essere affidata ai gesuiti. Tra il 1595 e il 1596, per problemi di salute, va a Napoli (Italia). Ritornato a Roma, si concentra sulla ricerca, la composizione di opere e la direzione dell'Accademia di matematica del Collegio da lui fondata, che terrà fino alla morte. Muore a Roma il 6 febbraio 1612.
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